پس از آن که خبر ضربت خوردن حضرت علی (ع) در شهر کوفه پراکنده شد، اهالی این شهر، به ویژه شیعیان و محبان آن حضرت، سراسیمه وارد مسجد شده و از حال آن حضرت پرس و جو نمودند.

آنان هنگامی که به نزد آن حضرت رسیدند، دیدند سر مبارکش در دامن فرزندش امام حسن مجتبی (ع) است و با این که جای زخم سرش را محکم بسته اند، با این حال خون از آن جاری است و چهره مبارک آن حضرت از سفیدی به زردی مایل شده است و به آسمان نظر می‌افکند و به تسبیح و تقدیس الهی مشغول است و می‌گوید: الهی اسئلک مرافقه الأنبیاء و الأصیاء و أعلی درجات جنّه المأوی.

در همین هنگام ضارب آن حضرت، یعنی عبدالرحمن بن ملجم مرادی را دستگیر کرده و به مسجد آوردند. مردم که از شدت خشم و ناراحتی می‌خواستند وی را با دست و دندان خویش پاره پاره کرده و به سزایش برسانند، با ممانعت محافظان و یاران حضرت علی (ع) مواجه شدند.

حضرت علی (ع) هنگامی که نظر مبارکش به آن تیره بخت و روسیاه افتاد، به وی فرمود: ای ملعون! کُشتی امیرمؤمنان و پیشوای مسلمانان را، در حالی که تو را پناه داد و بر دیگران اختیار کرد و به تو عطاها نمود. آیا برای تو بد امامی بود؟ و پاداش نیکی‌های او به تو، همین بود که دادی؟ ابن ملجم سر به زیر افکند و سخنی نمی‌گفت.

پس از دقایقی امام علی (ع) چشم گشود و فرمود: ارفقوا یا ملائکه ربّی بی؛ ای فرشتگان خدا با من رفق و مدارا کنید.

ابن ملجم مرادی، در این وقت می‌گریست و خطاب به آن حضرت، می‌گفت: أفأنت تنقذ من فی النار؟ آیا تو می‌توانی کسی که جایش در جهنم است، نجاتش دهی؟ امام علی (ع) به فرزندش امام حسن (ع) درباره رفتار با ابن ملجم سفارش کرد و به وی فرمود: پسرم! با اسیر خود مدارا کن و با وی طریق شفقت و رحمت پیش گیر.

امام حسن (ع) عرض کرد: پدرجان! این ملعون، ضربتی سخت بر تو وارد کرد و دل‌های ما را به درد آورده است، با این حال دستور می‌دهی که با وی رفتاری مشفقانه در پیش گیریم؟

امام علی (ع) فرمود: فرزندم! ما اهل بیت رحمت و مغفرتیم. پس وی را به آن چه خود می‌خوری، بخوران و به آن چه می‌آشامی، بیاشام. اگر من از دنیا رفتم، از او قصاص کن ولی جسدش را به آتش مسوزانید و وی را مثله نکنید. زیرا از جدت رسول خدا (ص) شنیدم که می‌فرمود: مثله نکنید، اگر چه سگ گزنده باشد. اما اگر زنده ماندم، خودم داناترم که با او چه رفتاری کنم و عفو وی را ترجیح می‌دهم. زیرا ما از اهل بیتیم که با گناهکاران در حق خویش، جز به عفو و کرم رفتار نمی‌کنیم.

در این هنگام، آن حضرت را به سوی خانه اش منتقل کردند و دختران و فرزندان و سایر خانواده آن حضرت، با دیدن وی شیون و گریه سر دادند. نقل شد که برای درمان زخم آن حضرت، پزشکان کوفه را گرد آوردند و حاذق‌ترین و داناترین آنان، شخصی بود به نام «اثیر بن عمرو».

وی چون در زخم سر مبارک آن حضرت نگریست، شش گوسفندی طلبید که تازه و گرم بود و رگی از آن بیرون کشید و آن را در شکاف زخم سر آن حضرت گذاشت و در آن دمید تا اطرافش به تمام قسمت‌های جراحت رسید و اندکی بگذاشت و سپس برداشت و در آن نگاهی کرد و دید که برخی از سفیدی مغز سر آن حضرت در آن مشاهده می‌گردد. در این وقت با حسرت و آه، عرض کرد: یا امیرالمؤمنین! وصیت خود را بگو، که این زخم کار خود را کرده و به مغز سرت رسیده است و از تدبیر بیرون شده است.

آن گاه حضرت علی (ع) به امام حسن (ع) و امام حسین (ع) و سایر فرزندانش سفارش نمود. وصیت آن حضرت به فرزندانش در نامه 47 نهج البلاغه (فیض الاسلام) آمده است.

حضرت علی (ع) تا شب 21 رمضان، در بستر بیماری بود و در این شب گاهی بی هوش می‌گردید و گاهی به هوش می‌آمد و به اطرافیان نظری می‌افکند و به آنان توصیه می‌نمود. سرانجام چشمان مبارکش را بر هم گذاشت و پاهای خود را به سوی قبله نمود و گفت: اشهد ان لا اله الا الله وحده لا شریک له و اشهد انّ محمداً عبده و رسوله. این کلمات را گفت و روح مبارکش به اعلی علیین پرواز کرد.

امام حسن مجتبی (ع) و امام حسین (ع) به همراهی سایر فرزندان و یاران نزدیک وی، او را غسل و کفن کرده و طبق سفارش آن حضرت، شبانه وی را در بیرون شهر کوفه، در جایی که هم اکنون معروف به نجف اشرف است، به خاک سپردند.

در شب 21 رمضان، رویدادهای مهمی در عالم خلقت به وقوع پیوست. از جمله آن‌ها است: وفات حضرت موسی بن عمران (ع)، وفات وصی اش حضرت یوشع بن نون، به روایتی عروج حضرت عیسی (ع) به آسمان ها، معراج پیامبر اسلام (ص) به آسمان‌ها و شهادت وصی اش حضرت علی (ع).

از امامین صادقین (ع) روایت شده است، که وفات تمام اوصیای پیامبران الهی در این شب به وقوع پیوست.